Die Welt ist nicht so, wie sie uns bisher erschien: Wir glaubten ja immer, es gäbe keine Hexen und Zauberer, Drachen und Einhörner. Aber es gibt sie. Nur kriegen wir magie-unbegabten Wesen, in der Zauberersprache auch Muggel genannt, das natürlich nicht mit. Oder nur ganz selten. Dafür sorgt nämlich das Ministerium für Zauberei, welches natürlich den Muggeln ebenfalls nicht bekannt ist.

Unter den Zauberern und Hexen gibt es – wie unter den Menschen – Gute und Schlechte. Einer, der ganz besonders schlecht ist, ist der Magier Lord Voldemort. In einer finsteren Zeit beherrschte er die ganze Zaubererwelt und verbreitete Angst und Schrecken. Niemand stellte sich ihm in den Weg, und wenn doch, so wurde er getötet.
Bis an einem Tag Lord Voldemort, dessen Namen niemand auszusprechen wagte, Lily und James Potter tötete und auch ihren kleinen Sohn Harry töten wollte. Doch aus einem Grund, der in der Zaubererwelt nicht bekannt war, gelang es ihm nur, dem kleinen Harry eine Narbe in Form eines Blitzes auf der Stirn zuzufügen – und er verlor bei dieser Tat den größten Teil seiner Macht.
Die Zauberer und Hexen feierten diesen Tag ausgelassen, und Harry Potter wurde zu einer Legende. Allerdings ohne es zu ahnen, denn der kleine Junge wurde in die Obhut seiner Tante und seines Onkels gegeben: Zu Vernon und Petunia Dursley mit ihrem kleinen Sohn Dudley, wohnhaft im Ligusterweg 4. Die Dursleys waren richtige Muggel und absolut gegen alles Magische. Sie schämten sich, die Potters in ihrer Verwandtschaft zu haben. So war es kein Wunder, dass sie Harry, als er älter wurde, nie erzählten, wie seine Eltern wirklich gestorben waren. Sie erzählten ihm, sie seien bei einem Autounfall ums Leben gekommen. Seine magische Herkunft verrieten sie ihm nicht, und natürlich hatten sie auch nie vor, ihn zur (unter Zauberern) berühmten Zaubererschule Hogwarts zu schicken.
Harry wusste daher nicht, warum ihm manchmal Dinge passierten, die er sich nicht erklären konnte – sein schwarzes, immer strubbeliges Haar wuchs direkt wieder nach, wenn die Dursleys es schneiden ließen, und einmal sprach er sogar mit einer Schlange im Zoo und das Fenster von ihrem Terrarium verschwand zum großen Schrecken der Zoobesucher aus heiterem Himmel. So wuchs Harry Potter als ungeliebtes Stiefkind neben seinem fiesen, verwöhnten Stiefbruder Dudley wie ein ganz normaler Junge mit einer ständig kaputten Brille auf.

Als kurz vor seinem elften Geburtstag Post für Harry aus Hogwarts kommt, verhindern die Dursleys mit allen Mitteln, dass er sie lesen kann. Sie wehren sich verzweifelt gegen Hunderte von Eulen, die immer wieder den gleichen Brief bringen, und retten sich schließlich sogar auf eine einsame Insel. Doch in dieser Nacht, der Nacht, in der Harry seinen elften Geburtstag einsam unter einer Decke mit sich allein feiert, kommt der riesenhafte Rubeus Hagrid, der Hüter der Schlüssel und Ländereien von Hogwarts, auf die Insel, um Harry einen Geburtstagskuchen, die Wahrheit über seine Eltern und das schönste Geschenk zu bringen, das Harry sich vorstellen kann: er nimmt ihn mit sich nach Hogwarts, weg von den fiesen Dursleys.

Zunächst einmal müssen Hagrid und Harry in der geheimnisvollen Winkelgasse die Schulsachen einkaufen. Die Winkelgasse ist so versteckt, dass nur Zauberer und Hexen sie finden, obwohl sie mitten in London liegt. Hier erfährt Harry, dass seine Eltern für ihn viel Geld in der von Kobolden geführten sichersten Bank der Welt, Gringotts, hinterlegt haben, so dass er sich die Ausbildung zum Zauberer leisten kann. In der Bank holt Hagrid außerdem noch ein kleines Päckchen ab, dessen Inhalt aber geheim ist – im Auftrag vom Leiter von Hogwarts, dem berühmten Professor Albus Dumbledore.
In der Winkelgasse trifft Harry viele Menschen, die ihn an seiner Narbe erkennen und ihm zu seiner Tat gratulieren, was ihn ziemlich verwirrt. Noch verwirrender ist es, die Zauberutensilien zu kaufen – Kessel, Bücher, eine Eule namens Hedwig (für die Post) und natürlich einen Zauberstab bei Mr. Ollivander. Der erzählt ihm, dass sein Zauberstab die Feder eines Phönix enthält – seltsamerweise die zweite Feder des gleichen Phönix, der auch eine Feder für den Zauberstab Lord Voldemorts gab.

Einen Monat muss Harry dann noch bei den Dursleys verbringen, aber die Zeit vergeht beim Lesen von Zauberbüchern schnell. Und dann ist der große Tag da: Harry muss am Bahnhof Paddington vom Gleis 9 ¾ abfahren, mit dem Hogwarts-Express. Zwischen Gleis neun und Gleis zehn lernt er zum Glück die große und komplett rothaarige Familie Weasley kennen, die ihm zeigt, wie man mit seinem Koffer einfach genau zwischen den Gleisen durch eine Bahnsteigabsperrung hindurch zum Gleis 9 ¾ gelangt – indem man einfach durch die Wand geht.
Im Zug trifft Harry Ron, den jüngsten Sohn der Weasleys. Die Weasleys sind eine kinderreiche und arme Zaubererfamilie. Ron trägt die Sachen seiner älteren Geschwister auf und hat den Zauberstab und sein Tier, die Ratte Krätze, ebenfalls von einem älteren Bruder. Außerdem treffen sie Hermine Granger, ein ständig plapperndes und sehr strebsames Mädchen, deren Eltern Muggel sind.
Harry trifft Draco Malfoy wieder, den er schon in der Winkelgasse kennen gelernt hat und den er damals schon schrecklich unsympathisch fand. Draco ist ein verwöhnter kleiner Junge aus einer reichen Zaubererfamilie, der sich für etwas Besseres hält, weil er "reinblütig" ist, also weil er keine Muggel in seiner Familie hat. Seine ständigen Begleiter sind die großen und ziemlich einfältigen Jungen Crabbe und Goyle, die für ihn die anderen Schüler einschüchtern.
Dracos Eltern gehörten früher einmal zu den Anhängern von Du-weißt-schon-wem, wie Lord Voldemort in der Zaubererwelt aus Sicherheitsgründen genannt wird. Als er auch noch gemein über Hagrid, Ron und die Kinder von Muggeln, die "Schlammblüter", herzieht, hat er sich Harry zum Feind gemacht.
Nach langer Fahrt kommen die Schüler in Hogwarts an. Hier werden die Erstklässler von Hagrid abgeholt, der sie in Booten über den See zur Schule fährt. Alle anderen fahren in Kutschen, die sich ohne Pferde bewegen.

Die Schule für Zauberei und Hexerei wurde einmal von vier Zauberern gegründet, nach denen jetzt die vier verschiedenen Häuser benannt sind. Die Schüler werden in der Begrüßungszeremonie von einem sprechenden Zauberhut auf die Häuser verteilt. Jedem Haus werden bestimmte Dinge nachgesagt. So ist zum Beispiel der berühmte Direktor der Schule, Dumbledore, im Haus Griffindor gewesen, und dieses Haus hat noch mehr berühmte Zauberer hervorgebracht. In Slytherin hingegen waren nicht nur Dracos Eltern, sondern auch Du-weißt-schon-wer persönlich. Die anderen Häuser sind Hufflepuff und Ravenclaw. Zu jedem Haus gehört auch noch ein persönlicher Geist, und jedes hat seinen geheimen Eingang, den nur die Hausbewohner kennen. In Hogwarts bewegen sich Treppen und die Menschen auf den Bildern an den Wänden bewegen sich und sprechen, die Schulhymne singt jeder nach seiner Lieblingsmelodie und in der großen Festhalle kann die Decke so verzaubert werden, dass sie zum jeweiligen Anlass passt. Außerdem füllen sich die Tische von selbst mit Essen und räumen sich auch allein wieder ab, so dass Harry aus dem Staunen gar nicht mehr heraus kommt.
Harry, Hermine und Ron werden vom sprechenden Hut ins Haus Griffindor gesteckt, obwohl der Hut bei Harry so seine Zweifel hat und ihn lieber nach Slytherin schicken würde. Das will Harry, der vom schlechten Ruf dieses Hauses gehört hat, aber auf gar keinen Fall, und so kommt er nach Griffindor. Draco Malfoy hingegen mit seinen beiden Freunden wird nach Slytherin geschickt.
Jetzt lernt Harry die Lehrer kennen:

Den genialen und etwas verrückten Professor Dumbledore, den Leiter von Hogwarts, die strenge Professor McGonagall, ihre Hauslehrerin und Lehrerin für Verwandlungen, den unsympathischen Professor Snape, der Zaubertränke unterrichtet und zum Haus Slytherin gehört, den leicht verwirrt wirkenden Professor Quirrel, seinen Lehrer für Verteidigung gegen die dunklen Künste, der immer einen Turban trägt, und viele andere. Und dann gibt es da noch den übellaunigen und Schüler hassenden Hausmeister Filch und seine Katze Mrs. Norris, die ihm beim Ertappen von Schülern hilft, die sich an verbotenen Orten wie z. B. dem Gang im dritten Stock aufhalten. Vom Vertrauensschüler von Griffindor, Percy Weasley, werden nach den Feierlichkeiten alle in ihre Zimmer gebracht. Die Türen zu den Häusern werden von Bildern bewacht, denen man das jeweilige Passwort sagen muss.

Die erste Woche vergeht mit Kräuterkunde, Verwandlung, Geschichte der Zauberei und anderen mehr oder weniger spannenden Fächern. Unbeliebt ist allerdings die Stunde über Zaubertränke bei Professor Snape, der die Schüler aus Slytherin bevorzugt und Harry gerne und oft vor allen anderen Schülern bloßstellt und dem Haus Griffindor aus völlig unfairen Gründen immer wieder Punkte abzieht, die man für die Hausmeisterschaft ein ganzes Jahr lang sammelt.

Am Ende der Woche besuchen Ron und Harry Hagrid, der in einer Hütte nahe dem verbotenen Wald lebt, um ihm von ihren Erlebnissen zu berichten. Dabei erfahren sie, dass an dem Tag, an dem Hagrid und Harry in der Zaubererbank Gringotts Geld und das geheime kleine Päckchen abgeholt hatten, ein Einbruch stattfand. Allerdings wurde nichts gestohlen, denn das aufgebrochene Verlies war genau das, aus dem Hagrid das Päckchen für Professor Dumbledore genommen hatte.

Am nächsten Tag steht Fliegen mit dem Besen auf dem Stundenplan. Madam Hooch, die Lehrerin, hat alle Hände voll zu tun, weil der ungeschickte Neville gleich beim ersten Flugversuch auf dem Dach von Hogwarts landet und sich beim Sturz herunter sein Handgelenk bricht. Kaum ist sie mit Neville unterwegs zum Krankenflügel, fordert Draco Harry zu einem Flug auf, obwohl dies ausdrücklich verboten wurde. Harry erweist sich als Naturtalent auf dem Besen, wird aber dummerweise von Professor McGonagall entdeckt. Anstatt ihn allerdings mit Punktabzug oder Schulverweis zu strafen, was Draco Malfoy heimlich hoffte, macht sie ihn mit Oliver Wood, dem Kapitän der Quidditch-Mannschaft von Griffindor bekannt, weil sie ihn für einen erstklassigen Spieler hält und natürlich möchte, dass Griffindor die Hausmeisterschaft gewinnt. Quidditch ist ein Spiel, das mit zwei Mannschaften und vier Bällen in der Luft auf Besen gespielt wird, und Harry soll die Rolle des Suchers übernehmen. Malfoy ist unglaublich neidisch, weil es normalerweise Erstklässlern nicht einmal erlaubt ist, einen eigenen Besen zu besitzen und weil noch nie ein Erstklässler in einer Quidditch-Mannschaft war.

Am gleichen Tag fordert der wütende Malfoy Harry zu einem mitternächtlichen Zaubererduell auf, was natürlich verboten ist. Ron und Harry werden nachts aber von Hermine und Neville aufgehalten, die sich dann weigern, die beiden allein gehen zu lassen, und mit zum Duell kommen wollen. Dabei werden sie fast von Filch und Mrs. Norris erwischt, können aber noch knapp entkommen, indem sie sich in einem Gang einschließen. Es wird ihnen nun klar, dass Malfoy sie mit dem Duell nur in eine Falle locken wollte und nie vorhatte, zu kommen.
Als sie sich umdrehen, machen sie eine schreckliche Entdeckung: im Gang hinter ihnen, den sie nun als den von Dumbledore verbotenen Gang im dritten Stock erkennen, befindet sich ein riesiger dreiköpfiger Hund, der hier angekettet auf einer Falltür sitzt.
So schnell wie möglich rasen die vier wieder zum Griffindor-Aufenthaltsraum und kommen mit dem Schrecken davon. Harry ist sich jetzt sicher, dass das geheimnisvolle Päckchen aus Gringotts nun im verbotenen Gang liegt und von dem dreiköpfigen Hund bewacht wird.

Die Rache an Malfoy lässt nicht lange auf sich warten – Harry bekommt von Professor McGonagall einen nagelneuen Superbesen, einen Nimbus 2000, geschenkt, und Malfoy ist natürlich ausgesprochen neidisch. Hermine sieht nicht ein, dass Harry für das Überschreiten eines Verbots auch noch einen Besen bekommt und ist außerdem immer noch sauer, dass die Jungen nachts zu einem Duell gehen wollten, deshalb redet sie nicht mehr mit Ron und Harry.
Abends bringt Oliver Wood Harry die entscheidenden Regeln des Quidditch bei: Die drei Jäger versuchen, den Quaffel in einen der drei Torringe zu schießen, während der Hüter die Jäger der anderen Mannschaft genau daran hindern muss. Die beiden Treiber müssen hingegen die anderen Spieler in ihrer Mannschaft vor den gefährlichen herumflitzenden Klatschern schützen und der Sucher schließlich muss den goldenen Schnatz, den kleinsten der vier Bälle, suchen und vor dem gegnerischen Sucher fangen.

Die nächsten Wochen sind ausgefüllt mit Quidditch-Training und Unterricht. Hermine ist in allen Fächern gut und geht damit vor allem Ron und Harry auf die Nerven. An Halloween bekommt sie zufällig mit, wie Ron über sie herzieht, und schließt sich weinend auf dem Mädchenklo ein. Die Halloween-Feierlichkeiten werden recht schnell unterbrochen, weil ein völlig aufgelöster Professor Quirrel in den Saal stürzt mit der Schreckensnachricht, dass sich ein Troll im Kerker der Schule befindet. Alle Schüler sollen in die Schlafsäle gehen, doch Ron und Harry fällt ein, dass sich Hermine immer noch auf dem Mädchenklo befindet. Sie schleichen sich davon, werden fast von Snape erwischt, der komischerweise nicht mit den anderen Lehrern unterwegs in den Kerker ist, und finden Hermine tatsächlich – allerdings zusammen mit dem Troll. Mit mehr Glück als Verstand und einem eher zufällig geglückten Zauberspruch, bei dem sich der Troll versehentlich seine eigene riesige Keule auf den Schädel fallen lässt und bewusstlos wird, können sie Hermine retten. Vor den Lehrern, die natürlich wegen der nicht befolgten Anweisungen sauer sind, nimmt Hermine die Jungen in Schutz, so dass sie keinen Ärger bekommen. Das gemeinsame Erlebnis schweißt die Drei zusammen.

Am nächsten Tag stellen sie fest, dass Snape hinkt, und zufällig bekommt Harry mit, wie Snape sich von Quirrel sein vom dreiköpfigen Hund zerfleischtes Bein verarzten lässt. Sie vermuten, dass Snape den Troll zur Ablenkung der anderen Lehrer ins Haus gelassen hat, um in der Zeit an das Päckchen im verbotenen Flur zu gelangen.

Beim ersten richtigen Quidditch-Spiel, bei dem Harry als Sucher dabei sein darf, geschieht etwas Merkwürdiges. Erst läuft das Spiel gegen die Mannschaft der Slytherins gut für Griffindor, aber dann verliert Harry auf einmal die Kontrolle über seinen Besen und läuft Gefahr, abzustürzen. Hermine entdeckt, dass Snape zu Harry sieht und ununterbrochen einen Zauberspruch murmelt, weshalb sie ihn mit einem kleinen Feuer ablenkt und dabei Professor Quirrel versehentlich in die nächste Sitzreihe schubst. Ihr Manöver bleibt zum Glück unbemerkt und Harry hat seinen Besen tatsächlich plötzlich wieder unter Kontrolle, so dass er sogar den goldenen Schnatz fangen kann – wenn auch nicht mit der Hand, sondern versehentlich mit dem Mund. Griffindor gewinnt das Spiel. Abends unterhalten sich die Kinder mit Hagrid über ihre Vermutung, dass Snape Harrys Besen verflucht hat und dass er das Päckchen aus dem verbotenen Flur an sich bringen will. Jedoch nimmt Hagrid Snape in Schutz und verplappert sich, dass der dreiköpfige Hund ihm gehört und Fluffy heißt und dass es nur die Sache von Dumbledore und Nicolas Flamel sei, was sich in dem Päckchen befindet. Die Drei versuchen, etwas über Flamel herauszufinden, aber in keinem Buch ist etwas zu finden – höchstens vielleicht im verbotenen Teil der Bibliothek, den sie ja nicht betreten dürfen.

Über Weihnachten bleiben alle Schüler in Hogwarts, die nicht zu Hause feiern wollen. Harry natürlich, und in diesem Jahr auch alle Weasleys, weil ihre Eltern den ältesten Sohn in Ungarn besuchen. Harry feiert sein bisher schönstes Weihnachtsfest und bekommt zum ersten Mal in seinem Leben wirkliche Geschenke. Das Geheimnisvollste ist ein anonym verschenkter Umhang, der unsichtbar macht. In dem beiliegenden Brief steht, dass er einst Harrys Vater gehörte, und dass Harry ihn klug gebrauchen soll. Mit dem Tarnumhang schleicht sich Harry also nachts in den verbotenen Teil der Bibliothek. Noch bevor er allerdings etwas über Flamel herausfinden kann, muss er vor Filch flüchten, der auch gleich noch Snape herbeiruft, und gelangt dabei in ein altes Klassenzimmer, in dem ein seltsamer Spiegel steht. Dieser zeigt ihm nicht sein Spiegelbild, sondern er sieht sich selbst zwischen seinen Eltern und seiner Familie stehen, die ihm fröhlich zuwinken. Über die plötzliche Traurigkeit vergisst er fast, dass er nach Flamel suchen wollte. Am nächsten Abend nimmt er Ron unter dem Tarnumhang mit zu dem Klassenzimmer mit dem Spiegel, um ihm seine Eltern zu zeigen. Ron aber sieht sich selbst mit Quidditch-Pokal und Vertrauensschülerabzeichen. In der nächsten Nacht kehrt Harry wieder zum Spiegel zurück, um seine Eltern zu sehen. Dabei wird er von Dumbledore entdeckt, der ihm erklärt, dass der Spiegel mit Namen Nerhegeb nicht die Zukunft oder Vergangenheit, sondern die eigenen Wünsche zeigt. Dumbledore will den Spiegel wieder neu verstecken, weil er weiß, dass es einen Menschen nicht weiterbringt, wenn er nur seinen Träumereien nachhängt, und dass der Spiegel einen in seinen Bann ziehen und wahnsinnig machen kann.

Ein paar Tage später finden Harry, Ron und Hermine dank einer Sammelkarte ganz zufällig heraus, wer Nicolas Flamel ist – nämlich ein Freund Dumbledores und der Entdecker des Steins der Weisen. Dieser erzeugt das Elixier des Lebens, welches unsterblich macht. Außerdem verwandelt er jedes Metall, das er berührt, in Gold.
Die Drei sind sich jetzt sicher, dass es der Stein der Weisen ist, der im verbotenen Flur von Fluffy bewacht wird.

Beim nächsten Quidditch-Spiel spielt Griffindor gegen Hufflepuff, nur ist dummerweise Snape der Schiedsrichter. Harry schafft es allerdings, während sich Ron und Neville mit Malfoy, Crabbe und Goyle prügeln, innerhalb der ersten fünf Minuten den Schnatz zu fangen und das Spiel zu entscheiden, so dass Snape gar nicht dazu kommt, die Griffindor-Mannschaft zu benachteiligen. Nach dem Spiel sieht Harry Snape in den verbotenen Wald schleichen und folgt ihm heimlich auf dem Besen. Er bekommt mit, wie sich Snape dort mit Quirrel trifft und ihm droht. Quirrel soll damit herausrücken, mit welchem Schutzbann er den Stein der Weisen belegt hat und wie man an Fluffy vorbei kommt, und sich darüber klar werden, auf welcher Seite er steht.

Hagrid weiß, wie man an Fluffy vorbeikommt, und er sagt, keiner außer Dumbledore und ihm wüsste es. Aber er hat ein Geheimnis: Er hat in einer Kneipe jemandem ein Drachenei abgekauft. Hagrid wollte schon immer einen Drachen haben, obwohl es natürlich verboten ist, sie zu halten, weil sie unberechenbar sind. Als aus dem Ei der kleine norwegische Stachelbuckel Norbert schlüpft, der bald anfängt, um sich zu beißen und Feuer zu spucken, wird Ron in die Hand gebissen und Norberts Anwesenheit wird von Malfoy bemerkt, der sein Wissen natürlich nutzen will, um Hagrid zu schaden. Die Kinder überreden Hagrid, den kleinen Norbert nach Ungarn zu einem von Rons Brüdern zu schicken, der dort mit Drachen arbeitet. Malfoy findet heraus, wann der Drache übergeben werden soll, aber da Ron, Hermine und Harry mit dem Tarnumhang unterwegs sind, wird Malfoy sogar noch erwischt und bekommt eine Strafarbeit, während die Kinder auf einen Turm klettern und dort den Drachen an Freunde von Rons Bruder übergeben.
Auf dem Rückweg werden sie allerdings von Filch erwischt – und der Umhang liegt oben auf dem Turm. Professor McGonagall bestraft alle mit jeweils 50 Punkten Abzug für ihr Haus, so dass alle durch das Quidditch-Spiel gewonnenen Punkte wieder weg sind und Slytherin in der Hausmeisterschaft wieder in Führung geht. Deshalb sind alle Schüler – außer den Slytherins – wütend auf Harry, Ron und Hermine, weil niemand Slytherin schon wieder den Pokal gönnt, und niemand redet mehr mit ihnen. Außerdem brummt McGonagall ihnen noch Strafarbeiten auf, die sie ein paar Tage später zusammen mit Malfoy verrichten müssen: Sie sollen Hagrid nachts helfen, im verbotenen Wald das Wesen zu finden, welches seit einigen Tagen Einhörner angreift und tötet. Tatsächlich stoßen Harry und Draco auf ein totes Einhorn und ein verhülltes Wesen, das sich darüber beugt und sein Blut trinkt. Draco flüchtet und das Wesen greift Harry an. Er wird aber von einem Zentauren namens Firenze gerettet und in Sicherheit gebracht. Firenze erklärt Harry, dass es eine schreckliche Sünde ist, Einhornblut zu trinken. Einhornblut hält jemanden am Leben, der kurz vor dem Tod steht, aber es sei dann ein verfluchtes Leben. Firenze meint, es lohne sich nur, ein solches Leben zu führen, wenn man erwartet, in Kürze ein besseres Leben beginnen zu können – mit Hilfe des Steins der Weisen. Und wer könne es denn sein, der seit Jahren zwischen Leben und Tod schwebt und nur darauf wartet, wieder an die Macht zu kommen? Harry befürchtet, dass Snape versucht, den Stein der Weisen für Voldemort zu beschaffen, so dass Voldemort zu Ende bringen kann, was er vor Jahren versucht hatte: Harry zu töten. Nachts findet er an seinem Bett seinen Tarnumhang und den Hinweis "Nur für den Fall".

Seit dem Ausflug in den Wald hat Harry Schmerzen an seiner Narbe, aber trotzdem übersteht er die Jahresabschlussprüfungen wie die anderen auch. Harry hört zufällig, wie Professor Quirrel sich mit jemandem unterhält und offensichtlich den Drohungen nachgibt und seinen Schutzbann verrät. In einem Gespräch mit Hagrid finden sie heraus, dass Hagrid sich damals das Drachenei von einem vermummten Mann andrehen ließ, dem er auch gleich noch erzählte, wie man an Fluffy vorbeikommt, nämlich, indem man dem Hund Musik vorspielt. Entsetzt versuchen die Freunde, Dumbledore zu benachrichtigen, aber der ist vom Zaubereiministerium gerufen worden und abgereist – sicher ein Trick, wie Harry und Ron vermuten, denn ohne den mächtigen Zauberer Dumbledore im Haus und mit dem Hinweis, wie man Fluffy beruhigen kann, kann der Stein gestohlen werden. Obwohl Professor McGonagall ihnen den Schulverweis androht für den Fall, dass sie die drei Freunde noch einmal nachts im Haus erwischt, planen sie, in dieser Nacht getarnt durch Harrys Umhang zum Stein der Weisen zu gehen und ihn zu bewachen. Dabei werden sie jedoch von Neville überrascht, der sie aus Angst vor Ärger und weiterem Punktverlust aufhalten will. Hermine verwandelt ihn kurzerhand in einen Stein, auch, wenn es ihr leid tut.
Beim verbotenen Gang angekommen, bemerken die Freunde, dass ihnen schon jemand zuvorgekommen ist. Nun müssen sie die vielen Schutzzauber überwinden, die den Stein der Weisen sichern sollen. Zuerst kommen sie mit der Musik einer Holzflöte an Fluffy vorbei und springen durch die Falltür in eine gefährliche Schlingpflanze, die aber mit Licht zu besiegen ist, welches Hermine herbei zaubert. Dann gelangen sie in einen Raum, in dem Schlüssel wie Schmetterlinge an der Decke fliegen – einer davon passt zu der Tür, durch die sie gehen müssen. Harry erkennt den Richtigen daran, dass er schon so alt ist, und sie gelangen auf ein riesiges Schachbrett mit lebendigen Figuren. Ron, der Beste im Zaubererschach, leitet sie an, als sie die Plätze von Schachfiguren einnehmen und das Spiel beginnt. Ron opfert sich und wird geschlagen, damit Harry das Spiel gewinnen und mit Hermine weitergehen kann. Als nächstes stoßen sie auf 7 Zaubertränke, von denen einer ihnen hilft, durch die Flammen zu gehen, die zum nächsten Raum führen. Hermine enträtselt die seltsamen Hinweise, mit denen man den richtigen Trank von den tödlichen Tränken unterscheiden kann, und weil der Trank nur noch für einen reicht, geht Harry weiter und schickt Hermine los, um Ron zu helfen und Dumbledore rufen zu lassen. In der Kammer dahinter findet Harry den Spiegel Nerhegeb – und Professor Quirrel.
Dieser erklärt Harry, dass er derjenige war, der versucht hatte, ihn beim Quidditch durch einen verfluchten Besen umzubringen – dadurch, dass Hermine ihn gestoßen hatte, war der Bann gebrochen worden. Snape hatte versucht, einen Gegenfluch zu sprechen, woran Hermine ihn dann aber auch hinderte. Quirrel gibt zu, den Troll in die Schule gelassen zu haben, um den Stein in der Zeit zu suchen. Snape hatte ihn im Verdacht und war ihm gefolgt, wobei er von Fluffy gebissen wurde. Snape würde Harry zwar hassen, wie er auch Harrys Vater gehasst hat, als sie zusammen in Hogwarts waren, aber umbringen wollte er ihn nie.

Und nun will Quirrel das letzte Rätsel lösen, das ihn noch vom Stein der Weisen trennt. Der Spiegel soll ihn zum Stein führen, er weiß aber nicht, wie. Da hört Harry eine Stimme von Quirrels Rückseite und entdeckt sein schreckliches Geheimnis: An Quirrels Hinterkopf sieht er, nachdem der Professor den Turban abgewickelt hat, das Gesicht Voldemorts. Dieser nutzt Quirrels Körper, um zu überleben, weil er kaum noch genug Kraft hat und vom Einhornblut auch nicht stark genug wäre, um einen eigenen Körper zu besitzen. Er zwingt Harry, in den Spiegel zu blicken. Im Spiegel sieht Harry sich selbst, wie er den Stein in seine Hosentasche steckt – und genau da befindet sich der Stein plötzlich auch. Voldemort erkennt dies und befiehlt Quirrel, Harry zu ergreifen. Aber der Professor kann Harry nicht anfassen, ohne sich dabei die Haut zu verbrennen. Er versucht, Harry zu verfluchen, aber der drückt ihm die Hand ins Gesicht und kann den Fluch noch eben abwehren, doch der Kampf entkräftet ihn und er wird bewusstlos.
Als er wieder zu sich kommt, liegt er im Krankenflügel und Dumbledore ist bei ihm. Der Professor erzählt ihm, dass er im letzten Moment noch dazugekommen war, um Quirrel zu töten, und dass Voldemort jetzt fürs Erste aufgehalten ist. Der Stein der Weisen wurde vernichtet. Dumbledore erklärt Harry, dass Quirrel mit der Seele von Voldemort ihn nicht berühren konnte, weil seine Eltern ihn mit ihrer Liebe geschützt hätten. Außerdem verrät er ihm, dass er ihm den Tarnumhang geschickt hatte und dass Snape und Harrys Vater sich noch nie leiden konnten, dass Harrys Vater aber einmal Snape das Leben gerettet hatte, weshalb Snape nun versuchte, diese Schuld wieder zu begleichen, indem er Harrys Leben schützte. Der Trick mit dem Spiegel war auch Dumbledores Idee: Nur wer den Stein finden, aber nicht benutzen will, würde ihn bekommen.
Nachdem Harry auch noch Besuch von Ron und Hermine bekommen und ihnen alles erzählt hat, kommt Hagrid, der ein sehr schlechtes Gewissen hat, weil er glaubt, durch sein Verplappern an allem Schuld zu sein. Als Entschuldigung hat er Harry ein Fotoalbum mit Zauberbildern von seinen Eltern zusammengestellt.

Am nächsten Tag findet das Fest zur Schulmeisterschaft statt, die in diesem Jahr – mal wieder – Slytherin gewonnen hat. Jedoch hat Professor Dumbledore kurz vor der Siegerehrung noch ein paar Punkte zu vergeben: An Ron für die beste Schachpartie, die je in Hogwarts gespielt wurde, an Hermine für den Einsatz von Logik beim Zaubertrankrätsel und an Harry für seine Unerschrockenheit und seinen Mut. Damit haben Slytherin und Griffindor auf einmal gleich viele Punkte.
Und dann verleiht Dumbledore noch ein paar Punkte für Mut – nicht für den Mut, den man braucht, um sich seinen Feinden entgegenzustellen, sondern den, den man braucht, um sich seinen Freunden entgegenzustellen – an Neville! Griffindor hat den Hauspokal gewonnen und Harry, Ron, Hermine und Neville werden wie Helden gefeiert.
Am Ende eines langen und aufregenden Schuljahres fahren die Schüler in die Sommerferien. Zwar wurden alle ermahnt, in den Ferien nicht zu zaubern, aber von den Dursleys weiß das ja keiner, und so hat Harry diesmal überhaupt keine Angst, zu Hause von seinem Stiefbruder Dudley belästigt zu werden.